Gewerbemietrecht ist nun einmal keine eindeutige Sache - da ist vieles, was im Wohnungsmietrecht gilt, ausgehebelt - und Untermietverträge sind noch einmal eine andere Sache.
Allein schon, weil keiner eure genauen Verträge kennt, wird wohl keiner eine rechtlich bindende Aussage für Dich abgeben können.
Fakt ist, Du hast die Mietsache zu Ungunsten der Untermieterin verändert. Auch wenn Du es nicht wahrhaben willst. Für mich wäre es auch ein massiver Unterschied, ob ich mich in Räume einmiete, die zu meinem Gewerbe passen oder in eine "Lagerhalle". Eine Physiotherapie und ein Lagerraum passen für mich auch nicht so wirklich zusammen. Auch wenn Du Dich 10x im Recht wähnst, so einfach ist die Sache nun einmal nicht.
Wenn Du unbedingt tätig werden willst, dann schreibe ihr (aber erst Montag!) all das, was Du hier so explizit aufgeführt hast und warte ihre Reaktion ab. Du hast das ja Deiner Meinung nach alles schlüssig begründet. Also, wo liegt Dein Problem. Dann sollte sie ja einsehen müssen, dass Du Dich im Recht wähnst.
Über den weiteren Fortgang halte uns dann aber auch informiert
Und das alles wegen 1.000 Euro.... - auch, wenn ich es bestimmt nicht üppig habe - das wäre es mir jetzt echt nicht wert. Zumal ich nicht sehe, dass Du Dich uneingeschränkt im Recht befindest - und ich bin ja mit meiner Meinung, im Gegensatz zu Dir, hier weiß Gott nicht allein...